Le choeur de l'édifice est muni d'un autel en marbre et d'un maître-autel en bois qui comporte dans sa partie haute 6 représentations de Saintes: Lucie, Catherine, Cécile, Agathe, Marguerite et Agnès. Dans la partie basse 4 tableaux, ils illustrent: la visite de Marie chez sa cousine, la naissance de Jésus, la présentation au temple et la fuite en Égypte. Au-dessus du maître-autel trône la statue de Saint Gangolphe en soldat romain avec un étendard et un bouclier dans les mains, il est surmonté du visage de Jésus sur le Saint-Suaire de Turin. Sur le mur Nord du choeur se trouve la statue de Saint Gangolphe casqué et en armure, il tient un bouclier à la main. Le choeur de la chapelle Saint-Gangolphe est également décoré de magnifiques fresques du XVe siècle, elles ont été découvertes suite à l'incendie de 1892 où la pluie a enlevé le badigeon qui les recouvrait. Ces 6 fresques sauvées de l'incendie illustrent les grands moments de la vie de Saint Gangolphe.